Degene die tegen betaling diensten verricht of goederen levert noemt men een ondernemer. Ondernemers nemen deel aan het economisch verkeer en leveren prestaties waar maatschappelijke een zekere vraag naar is en waarvoor betaald wordt. Dit doen zij in onderlinge concurrentie. Ondernemers brengen over de door hen verrichte werkzaamheden BTW in rekening en kunnen de BTW die zij zelf betaald hebben daarmee verrekenen. Of men als ondernemer wordt aangemerkt hangt af van de aard van de activiteiten die worden verricht en de wijze waarop deze worden betaald.

Om als ondernemer te worden aangemerkt kan men elke rechtsvorm hebben, dus ook die van een kerk. Kerken vallen normaal gesproken niet in de categorie ondernemers. De reden hiervoor is dat zij niet deelnemen aan het economisch verkeer en daarbij in concurrentie treden met anderen. De enige of in elk geval belangrijkste inkomstenbron van kerken bestaat uit giften, collecten, schenkingen en legaten. Deze worden niet gedaan bij wijze van tegenprestatie voor een door de kerk verrichte werkzaamheden, maar uit vrijgevigheid.

Kerken kunnen wel activiteiten verrichten waarvoor betaald moet worden, bijvoorbeeld door de verkoop van goederen (boeken, kaarsen en andere voorwerpen) of door de verhuur van zalen (voor vergaderingen, bijeenkomsten, feesten). Dit soort activiteiten kan ertoe leiden dat een kerk wordt aangemerkt als ondernemer, en dus BTW moet berekenen en afdragen. Daar staat dan tegenover dat men de betaalde BTW terug kan vragen.

Voor zover kerken activiteiten tegen betaling verrichten doen zij dat meestal om middelen te genereren voor bepaalde (eenmalige) projecten of om de eigen exploitatie te ondersteunen. Op het moment dat deze activiteiten een bepaalde omvang krijgen, kan ook een kerk BTW-plichtig zijn. Iets vergelijkbaars doet zich voor bij verenigingen en stichtingen. Voor deze instellingen geldt een wettelijk geregelde vrijstelling voor zogenaamde fondsenwervende activiteiten. Zolang de opbrengsten van deze activiteiten niet hoger zijn dan € 68.067 (voor leveringen van goederen) en € 22.689 (voor het verrichten van diensten) is de betrokken organisatie niet verplicht BTW in rekening te brengen en af te dragen. De achtergrond van de regeling is dat commerciële bedrijven worden beschermd tegen ernstige concurrentieverstoring, die kan ontstaan wanneer organisaties zonder BTW goedkoper kunnen leveren.

De wetgever houdt niet altijd rekening met kerkgenootschappen en hun zelfstandige onderdelen. De hiervoor genoemde vrijstelling voor fondsenwervende activiteiten is formeel niet van toepassing op kerken. De Staatssecretaris van Financiën heeft dit echter wel goedgekeurd, zodat de vrijstelling ook voor kerken geldt.

De genoemde vrijstelling geldt ook voor activiteiten van zogenaamde steunstichtingen, mits deze middelen werven voor een organisatie die actief is op sociaal, recreatief of cultureel terrein, zoals bijvoorbeeld kerken. De eerder genoemde bedragen gelden ook in dit geval als grens. Komt men boven de genoemde bedragen, dan is het hele bedrag belast met BTW.

Op de regeling is kritiek gekomen van de Europese commissie. Deze kritiek kan er op den duur toe leiden dat de vrijstelling komt te vervallen en/of dat de goedkeuringsregeling zoals die door de Staatssecretaris is vastgesteld komt te vervallen.